国家卫生计生委高度重视当前防汛抗洪工作，7月6日下午召集湖北、安徽、湖南等10余个省份卫生计生部门，召开视频会议，安排部署防汛抗洪卫生应急工作；又于7日上午在成都召开的全国爱国卫生工作会议上，对全国卫生计生系统防汛抗洪工作进行了再部署。要求各地卫生计生部门加强组织领导，牢固树立防大汛、抗大洪、救大灾的意识，克服麻痹思想，层层落实工作责任；全面开展医疗卫生机构风险评估、隐患排查和综合治理，确保汛期医疗卫生服务正常开展。要求灾区卫生计生部门按照“洪水到哪里，医疗保障就到哪里；灾民到哪里，医疗保障就到哪里；抢险队伍到哪里，医疗保障就到哪里”的部署，认真开展医疗服务工作；继续加强公共卫生风险评估和疫情监测报告，落实重点传染病防控措施，大力开展爱国卫生运动、环境消杀灭和健康宣教工作；科学开展受灾群众和救援人员的心理援助，强化救灾卫生应急工作的信息发布和新闻宣传，强化与相关部门的救灾协调联动，强化应急值守和信息报送等工作。

国家卫生计生委派出3个指导组已于7月6日抵达灾区。指导组由司局级干部带队，医疗、防疫和心理专家参与。3个指导组7日分别在受灾严重的湖北武汉市、安徽桐城市、湖南益阳市现场指导相关工作，实地了解汛情、灾情和灾后医疗服务、卫生防疫等工作开展情况，指导灾区卫生计生部门全面、及时、有效落实各项医疗卫生服务保障。