然而，一种禽流感病毒在1997年首次实现了跨物种传播，造成18人感染、6人死亡。经检测排查，科学家发现它的名字叫H5N1。从那之后，从禽向人的“跨界”的禽流感开始增多，H5N1之后，分别有H9N2、H7N7、H5N2亚型，但它们引发的人类疾病都不是很严重，直至此次最新发现的H7N9。

实际上，“几乎所有的人流感都与禽流感有关，禽流感病毒就是人流感病毒的天然存储库”，中国农业大学动物医学院教授赵德明说。最著名的是1918年西班牙流感，在全球造成了约20亿人感染，4000万人死亡。根据后来的科学研究，导致这次世界性传染病的HIN1亚型流感病毒，与禽流感病毒的关系十分密切，不过，它究竟是“禽—人”直接的跨物种传播，还是经过“禽—猪—人”的种间适应，至今仍无法定论。

流感病毒，包括禽流感病毒在内，最大的特点是极易变异。赵德明举例说，即使同是H5N1禽流感，今年流行的病毒基因，与去年的也已经不同。因此，人类虽已研发出人流感疫苗，但由于病毒基因较快的变异速度，使得疫苗也需常常更新。换句话说，如果它们不是这么的善变，可能早就像天花一样被人类消灭了。

禽流感病毒的变异主要有两种方式：在鸟与猪等动物混合感染的情况下，不同毒株间的基因节段能够发生“重配”；同时，病毒在其进化过程中受选择压力的影响，其H和N蛋白也会发生突变。这些变异的病毒，在特定条件下就会跨越物种障碍，引起人类的大流感。

根据中国国家流感中心在禽流感共享数据中发布的H7N9基因分析结果，中国科学院微生物所研究员刘文军解释说，相比过去在鸟类身上发现的同类病毒，2013年当时发现的H7N9病毒基因已发生了变异。与它的H7蛋白同源性最近的，是过去在中国发现过的H7N3，而N9蛋白，似乎来自于在韩国野鸭体内发现的H11N9，其他的基因片段则全部来自于H9N2。也就是说，这是一个由此前已知的三种病毒基因“重组”的变异病毒，而这一过程，往往发生在不同毒株在同一时间感染同一个宿主时。而这个宿主可能是谁？目前尚无人能给出明确的答案。

很多专家认为，目前长江三角洲地区出现多点散发的人感染H7N9疫情，尽管传播途径尚不清楚，但这预示着那一带的家禽可能普遍携带这种禽流感病毒。

早在2005年，香港大学新发传染性疾病国家重点实验室主任管轶教授在《自然》杂志上就发表过相关论文。通过对禽流感多年来在中国南方水禽中演变过程的研究，他指出：禽流感起源于南中国。这一观点在当时引起了中国大陆一些专家的反对。

根据公开报道，钟南山院士当时也提出了相似的看法。他认为，南中国是世界上家禽密集度最高的地区之一，以散养为主，并拥有全球8条候鸟迁徙线路中的3条，爆发禽流感疫情的风险极大。全球最早报告的人禽流感疫情的是1997年的香港，因此禽流感的“起源”似乎确实可以说是南中国。

不管是否认同“禽流感起源于南中国”，中国政府对禽流感并没有掉以轻心。据赵德明介绍，禽流感属于重大传染病，从2005年底开始，由政府出资采购疫苗，对全国范围内的家禽实行强制免疫。

此外，国家有专门的禽流感监控网络，由农业部兽医局牵头，各地动物疾控中心作为具体实施机构。在2013年3月以前，防控的禽流感类型主要是H5N1，由各地动物疾控中心每月按规定进行禽流感血清与病原抽样监测，结果上报兽医局，在《兽医公报》里统一发布。

血清监测，主要反映注射过禽流感疫苗的家禽体内抗体的产生情况，而病原学监测则主要了解动物带病毒情况。中国禽流感监控体系以前者为主。例如，根据2013年第1期《兽医公报》：2012年12月，全国共监测了各类动物禽流感样品51.5914万份，其中血清学样品45.0324万份，病原学样品则只有6.5590万份。对此，有专家表示，有的禽流感病毒，比如H7N9，在家禽身上是低致病或不发病，对人却是高致病，因此，只依靠血清监测，无法真实反映家禽体内携带病毒的情况。