2008年5月16日晚，救援队奉命由江油市经青川县绕道转至平武县。因路途危险，队员们都做好了遭遇不测的准备，每人在急救背心上写下了自己的姓名、血型和所属单位。

南坝是平武县受灾最重的镇，距县城52公里。由于山体滑坡严重，灾后成为孤岛。

2008年5月18日，设于平武县的浙江卫生救援指挥部宣布了“珍爱生命，救死扶伤；团结协作，无私奉献”的队训，并决定组建以防疫、心理干预人员为主的突击队，以徒步方式跨越滑坡地段，突击抢占该孤岛。任务一下达，队员们纷纷请缨加入突击队。

2008年5月19日6时30分，浙江卫生救援队总领队、该省卫生厅副厅长张平率领突击队奔向南坝。队员们背着几十公斤重的救援物资，在不断有碎石滚落的塌方地区手足并用地爬行，最终到达湾沙石滩。由于通往南坝的桥梁损坏，突击队的22名队员乘小摆渡船强行进入南坝，将浙江卫生救援队的旗帜插上了镇中心的高地。当天下午，他们又组织了30名防疫队员和11名心理干预队员进入南坝镇，并将浙江卫生救援队的总指挥部也前移到南坝。

南坝镇沿江依山而建，整个镇上到处是残垣断壁，死亡人数最多的是南坝小学。该校共有近900名学生，只有200余人逃生。当时，厕所破损，下水道破裂，污水四溢，动物尸体与遇难人员的遗体腐烂，生活垃圾遍布，苍蝇密度高达每视野300只～500只，有腐烂遗体区域高达每视野1000只以上。

救援全面开展，数十名防疫人员划分责任区域，施行严密防疫布控。队员们每天早上5时起床，身背几十公斤重的消毒器械和药水，冒着余震和随时可能发生的山体滑坡、泥石流危险，上下午各一次巡回消毒，每天连续工作16个小时。

随着救援工作的展开，困难接踵而来。首先是废墟消毒。尽管遭灾，但灾区群众仍不愿离开，造成废墟下的粪垢、畜舍难以清理。二是厕所消毒。由于房屋倒塌，灾区群众随地挖坑、使露天粪坑在几天内成倍增加。三是水源消毒。当地居民用水主要是山泉，而流动的山泉很难保证消毒效果。四是防疫力量不足。防疫专家的对策是修建过滤水池，安装水管和龙头，控制山泉中余氯的流失；建简易公厕和垃圾堆放点；开展村民防疫自救。经过近一周的防疫救援，灭蝇效果显示，杀灭率在87%以上，苍蝇密度为每视野3只～10只。