布什政府委任了一名生化恐怖专家，率领一个新的部门协调全国对公众卫生紧急事故的应变，并向国会建议额外拨款15亿美元，用以购买抗生素和加强反生物恐怖措施。

事件发生后，进行紧急检查。2002年3月14日上午10点半左右，五角大楼的一个邮件处理中心内安装的生化武器探测器突然警报大作，原本平静的五角大楼顿时紧张和繁忙起来。随即，五角大楼相关人员开始就此展开调查，该邮局也暂时停止营业。几个小时之后，五角大楼另一处的邮局也响起同样的警报。这两个邮件处理中心被紧急关闭，所有邮局内的人员，总共300多人被禁止离开邮局，并接受检查。同时，五角大楼的邮件处理中心约275名雇员全部接受医务人员对其身体进行检查，提取身上的污染物进行微生物培养，并给他们服用了抗生素。所有进入五角大楼的信件都在此检查分发，然后才可进入大楼。美国政府机构和邮政系统都进行了严格检查和消毒，邮政人员带上了面罩和手套分拣邮件。

美国联邦调查局迅速展开调查。17名联邦调查局官员和10名邮政警察专门负责调查此案。2002年1月，联邦调查局和美国邮局共出赏250万美元奖金给提供线索者。调查取得了积极的成果：

（1）调查人员共审间了9000多人，进行了67次搜索和6000多次传训。

（2）初步调查表明，信件是从新泽西州普林斯顿寄出的。经测试约600个可能寄出这些信件的邮箱，结果只在普林斯顿大学校园附近街区的10号邮箱发现了炭疽孢子。

（3）在调查的同时，由于炭疽与恐怖活动有关，波及邮政系统、公共卫生部门、媒体、政界和军界等各方面，因此，有1万人服用了预防性的抗生素。

（4）随着调查的深入，2001年12月17日，白宫发言人弗莱舍宣布，在美国一些地方出现的炭疽袭击行动中所用的炭疽芽孢，“可能来自美国国内”，否定了有人一度将事件嫌疑指向伊拉克的猜测。

（5）调查发现，炭疽芽孢与美国军队自1980年以来储存的炭疽芽孢完全相同，由北亚利桑那州立大学遗传学家凯姆教授牵头协助调查炭疽恐怖事件的科学家，经基因测试确定，两位参议员收到的炭疽邮件中的炭疽杆菌与美国军方的“陆军传染病医学研究中心”多年来培育的炭疽杆菌，不仅同属于“艾米斯”菌株，而且两者的基因组成完全吻合。

（6）对300多名科学家进行了调查取证，并将范围缩小到全美50多名科学家身上，他们都掌握了利用炭疽孢子制造尖端武器的技术。最后，将目标锁定在曾经在美国马里兰州安迪特里克港“陆军传染病医学研究中心”工作过的几个人身上，并对他们进行了一段时间的调查。先是盯上.了布鲁斯·爱德华·艾文斯的同事斯蒂芬·哈特费尔，后来锁定了艾文斯博士。

（7）2007年初，在对“陆军传染病医学研究中心”嫌疑人艾文斯及其朋友、同事的调查中，联邦调查局和每位配合调查的人签署了秘密协议，确保在联邦法院的判决下达之前，不能对外界透露艾文斯案件的任何细节。

国会进行监督。2002年末，达施勒和菜希要求联邦调查局解释《华盛顿邮报》2002年10月28日刊登的报道《联邦调查局关于炭疽的理论受怀疑》。2006年10月23日，艾奥瓦州参议员格拉斯勒给司法部部长写了一封6页长的信，要求其报告炭疽调查。至2006年12月，共33名国会议员要求司法部部长对他们做报告。