每次地震后，灾区的卫生防疫工作非常重要。

在地震发生后，由于大量房屋倒塌，下水道堵塞，造成垃圾遍地，污水流溢；再加上畜禽尸体腐烂变臭，极易引发一些传染病并迅速蔓延。历史上就有“大灾后必有大疫”的说法。

汶川大地震灾场地域数倍于唐山，遭到严重破坏的城镇坐落各处，这使得防疫战线极长。城乡相连，除了人的遗体，还有大量牲畜家禽乃至其他动物的尸体。除此，各地停电，大型冷冻库或被毁损，或停止工作，造成大部分物品腐烂。正在腐烂中的生活垃圾，数量惊人。

5月13日，根据全国抗震救灾指挥部的部署，全国卫生部门组织24个省市2000多人的医疗防疫队伍分批奔赴灾区。在12个重灾区县市开展消毒杀菌、尸体处理等工作。之后，各省、市有组织相关专业的医疗防疫队伍赶赴灾区，全力以赴协助灾区防疫。

截至2008年5月27日12时，全国累计有近14万名医疗卫生人员参加抗震救灾工作，其中投入四川灾区的近10万人。灾区的县、乡、村和受灾群众临时安置点，已实现医疗救治、防疫监督和医疗卫生物资的全覆盖。经过全体医疗防疫人员的辛勤努力，汶川大地震后，灾区没有发生严重的疫情。

汶川大地震同时开启了新中国第一次国际救援人员参与救灾的序幕。2008年5月16日凌晨3时，地震后抵达中国的第一支国际救援队伍——日本救援队首批救援人员抵达成都，并连夜赶赴青川县。

截至5月17日16时，来自中国香港、中国台湾、日本、俄罗斯、韩国、新加坡的六支救援队伍，已经抵达灾区开展救援行动。其中中国香港20人、中国台湾22人、俄罗斯51人的救援队在绵竹市开展救援，日本两批60人的专业救援队在青川、北川开展救援，韩国47人的救援队、新加坡55人的救援队在什邡市开展救援。