2004年1月30日，国家禽流感参考实验室鉴定报告，确诊在湖北武穴市、湖南武冈市发生的疑似高致病禽流感为H5N1亚型高致病性禽流感。

自2月起，浙江省永康市、湖北省宜昌市、云南省呈贡县、河南省平奥县以及新疆生产建设兵团农12师各发生一起疑似高致病性禽流感疫情。禽流感似有大规模爆发之迹象。

1月29日，国务院常务会议研究部署高致病性禽流感防治工作。1月30日，我国成立全国防治高致病性禽流感指挥部。

之后，国务院有关部门和有关地方政府开始密切监控疫情，进行疫源调查，严防疫情扩散，并严格控制疫区的禽类出口和进入国内市场。农业部也按国务院要求，对全国的禽流感防治工作作出了部署，并将公布疫情监测信息。

2004年2月2日，两名荷兰籍世卫组织专家抵京，协助中国开展禽流感防控。财政部也于当天宣布，国家将对疫区病禽和疫点周围3公里范围内扑杀的家禽给予合理补偿。

国务院于2月11日批准了《关于应对禽流感疫情扶持家禽业发展的若干政策》。为保持和促进家禽业持续稳定发展，将禽流感疫情对家禽养殖业、加工业造成的损失降到最低，政府采取财政贴息、税收优惠、减免部分政府性基金和行政性收费等措施给予扶持。

2月17日，联合国粮农组织专家赴广西、云南考察，并对防治禽流感提供科学建议。

经过从中央到地方的紧锣密鼓和严密的防治，自2004年2月18日开始，农业部未接到新的疑似疫情报告和禽流感确诊报告。2月22日，中国内地第一个确诊禽流感疫情的广西隆安县宣布解除疫区封锁。2月23日，上海禽流感疫区解除封锁。2004年3月16日，农业部宣布解除广西南宁和西藏拉萨疫区的封锁。

自2004年1月27日至7月28日，我国共有广西、湖北、湖南、安徽、广东海、新疆、浙江、云南、河南、甘肃、江西、天津、陕西、吉林、西藏等16个省（区、市）发生了50起疫情。病禽总数15万只，死亡13万只，扑杀905万只。疫情对禽肉进出口造成较大影响，直接经济损失达100亿元。7月28日，安徽巢湖最后1起疫情解除封锁后，再无新发疫情。高致病性禽流感阻击战取得阶段性成果。

在这一阶段，由于采取了坚决果断的措施，疫情得到有效控制，没有发生大范围的疫病流行和扩散。全国没有发生人的感染，这是全国人民坚持依靠科学、依靠法制、依靠群众，全力阻击高致病性禽流感共同取得的成果。

但是疫区解除封锁，并不等于疫情被彻底消灭。阻击禽流感疫情取得阶段性成果，绝不意味着万事大吉。高致病性禽流感如同其他严重传染性疾病一样，不仅具有突发性，而且具有反复性。

因此，全国防治高致病性禽流感指挥部出台相应政策，要求各地区、各部门要以对人民负责的精神，继续保持高度警惕，严阵以待，确保各项防治措施认真落实，从而保证一旦出现新的疫情后具有足够的快速反应能力。

不只是在中国，2004年春，亚洲多个国家和地区都爆发了前所未有的高致病性禽流感，给当地的人民带来威胁，也造成严重的经济损失。

在受禽流感之害最严重的越南和泰国，禽流感患者和疑似患者总数分别达到近300人和30余人，因禽流感而死亡的人数分别为40人和10余人，数以千万计的家禽被扑杀。在寻找可能染病的斗鸡、防止病禽转移方面，各国相关部门都遇到了一定的困难。较早发现禽流感疫情的韩国境内，疫情也度出现反复。曾对防控禽流感较为乐观的日本，由于早期疏于防范，导致后期防控投入巨大。此外，柬埔寨、印度尼西亚等国也受到禽流感袭击。