洪涝灾害发生后，由于饮水饮食卫生状况恶化、环境污染、病媒生物孳生、人群接触机会增加及抵抗力下降等因素影响，容易发生各种传染病特别是肠道传染病、虫媒和自然疫源性传染病、经密切接触的传染病等的增加，做好这些疾病的防控工作十分重要。
肠道传染病是病原体经口侵入肠道并引起腹泻和/或其他脏器及全身性感染的一类疾病。灾区常见肠道传染病主要有细菌性痢疾、霍乱、伤寒和副伤寒、其他如沙门菌、副溶血性弧菌、空肠弯曲菌、致病性大肠杆菌、耶尔森氏菌等细菌引起的细菌性感染性腹泻病、病毒性腹泻病（轮状病毒、杯状病毒、肠道腺病毒和星状病毒感染性腹泻），以及寄生虫腹泻病（隐孢子虫等）。其他肠道传染病还包括甲型肝炎、戊型肝炎、手足口病等。
自然疫源性疾病是指在自然条件下长期存在、在野生动物间流行，并在一定条件下会感染人类的疾病。自然疫源性疾病受自然因素的影响比较显著，由于洪灾期间自然环境的改变，包括温度、湿度、水位及媒介生物的栖息地变化影响了病原体、传染源、传播媒介和宿主的生长繁殖和生活习性；另一方面，自然灾害发生期间灾区群众居住条件恶劣、营养不良、精神心理压抑，使机体对疾病的抵抗力下降及灾区卫生防病措施被损害等均易导致自然疫源性疾病的流行和暴发。洪灾后需要重点预防的自然疫源性传染病有肾综合征出血热（流行性出血热）、钩端螺旋体病、流行性乙型脑炎、疟疾、血吸虫病、鼠疫、炭疽、布鲁氏菌病等。
以下为洪涝灾害后重点疾病防控要点。
霍乱
不进食生的海（水）产品，海（水）产品加工存放容器要做到生熟分开，煮熟后食用，清洗海鲜人员要彻底洗手再接触食品和餐具；不喝生水，只喝开水、合格瓶装水；避免大型聚餐和吃剩饭菜；不随地大小便，更不要在水井和河边大小便；发生无痛性腹泻和呕吐须立即就医；粪便和呕吐物污染的地面、容器、厕所、水龙头、衣物被褥等应进行清洁和消毒。从事饮食服务、垃圾粪便处理，或者一般人群根据专业机构推荐可及时口服霍乱疫苗。
细菌性痢疾
不进食未洗净的瓜果、蔬菜，瓜果要削皮吃，少吃凉拌菜，不吃或少吃熟肉凉盘食物；食用生大蒜有助于预防；食物加工要煮透；饭前便后、加工食物前要洗手；防止饭菜被苍蝇叮爬；不喝生水，只喝开水、合格瓶装水。不随地大小便。发生水样便、稀便、脓血便，伴腹痛、里急后重应立即就医。儿童发生高热惊厥应就医排除是否为中毒性痢疾。
伤寒和副伤寒
不进食未洗净的生菜和瓜果；不吃未煮熟的贝类等海鲜。不喝生水，只喝开水、合格瓶装水；饭前便后、加工食物前要洗手；不随地大小便。目前伤寒、副伤寒病情一般不典型，当出现持续3天以上发热，头痛、食欲差，排除感冒等疾病，有不洁食物或生冷食物进食史，应立即就医治疗。从事饮食等服务、垃圾粪便处理，或者一般人群根据专业机构推荐接种伤寒疫苗。
甲型肝炎
不进食未洗净的生菜、不吃未煮熟的贝类等海(水)产品。不喝生水，只喝开水、合格瓶装水；饭前便后、加工食物前要洗手；不随地大小便。不共用水杯等餐具用具；出现皮肤、眼睛巩膜发黄、恶心、厌油腻、食欲差等消化道症状应立即就医治疗。从事饮食服务、垃圾粪便处理、或者一般人群根据专业机构推荐接种甲肝疫苗。
手足口病
经常用清水和皂液洗手，特别是在接触口鼻前、进食或处理食物前、如厕后、当手被水疱、呼吸道分泌物污染时、更换婴儿尿布后及处理被污染的物品后要彻底洗手。经常清洁和消毒日常接触的餐具、用具、物品或表面（如家具、玩具和共用物品）以及分泌物、呕吐物和粪便等污染的物品用具。尽量不要共用毛巾或其他个人物品。成人外出回家应更换清洁衣服和洗手后再接触婴幼儿，不要喂食婴儿成人咀嚼过的食物；避免与患者密切接触，如玩耍、接吻等。尽量少去人员密集的公共场所，减少感染机会。家居或幼儿园室内做好通风。根据专业机构推荐3岁以下儿童可接种肠道病毒71型（EV71）疫苗，以减少EV71感染发病及其导致的重症和死亡。
食物中毒
食物要煮熟煮透，生熟分开，餐具须清洁并消毒后使用，进食前要洗手；不吃腐败变质或被洪水浸泡过的食物；不吃淹死、病死的禽畜、水产品；不吃剩饭剩菜，不吃生冷食物；不到无卫生许可证的摊档购买食品；不吃发霉食物；不自行采摘野生菌类食用。避免误用工业盐当食用盐；食品应储存在干燥、低温处，且不易被鼠类和苍蝇、蟑螂侵害，并防止鼠药污染食品。洪灾期间和退水应避免或减少大型聚餐。
水源性疾病
不喝生水，只喝开水或符合卫生标准的瓶装水、桶装水；装水器具必须干净，并经常倒空清洗；对临时的饮用井水、河水、湖水、塘水等，一定要进行消毒；混浊度大、污染严重的水，必须先加明矾澄清后再消毒；饮用水消毒剂（漂精片、消毒泡腾片)必须放在避光、干燥、凉爽处存放(如用棕色瓶拧紧瓶盖)。自来水水管或水龙头如被污染，退水后应充分清洗管路，水龙头表面使用含氯消毒剂擦拭消毒。集中性供水应严格按照规范消毒，末梢水余氯须达到国家标准。
急性出血性结膜炎
注意手部清洁。不用手、尤其是脏手揉眼睛。各人的毛巾与脸盆应单用。如果不得不与急性出血性结膜炎（俗称红眼病）病人共用脸盆，则应让健康人先用，病人后用，用完以肥皂将脸盆洗净，并常用消毒剂浸泡消毒，不能使用酒精消毒剂，应使用含氯消毒剂。
肾综合征出血热
要做好卫生及自我防护工作，如确保家及工作场所无鼠；妥善保管粮食、食物防止被鼠污染；清扫有鼠类尿、粪污染的地方时，要适当防护，戴橡胶或塑料手套，戴口罩；做好防鼠灭鼠措施，防止鼠进入室内；不采取人工捣动鼠窝等灭鼠措施。
钩端螺旋体病
7～9月是钩端螺旋体病高发季节，受灾地区是钩端螺旋体病高发地区的，值此洪涝灾害季节，群众接触疫水机会增加，发病风险增加，汛期发病人数可能会增加。灾区群众要避免接触疫水，对猪等牲畜进行圈养，积极配合政府开展灭鼠等爱国卫生活动，出现症状及时就医。参加抗洪抢险人员和参加水稻收割的农民，必要时可接种疫苗，或者开展预防性服药。
炭疽
我国炭疽自然疫源地分布广泛，炭疽病例时有发生，7～9月是炭疽的高发季节，洪灾是动物炭疽疫情暴发的危险因素，受灾地区存在局部地区炭疽疫情暴发的风险。因此灾区群众要预防炭疽，最重要的措施是不接触病死动物，发现牛、羊等动物突然死亡，要做到“三不”，即不宰杀、不食用、不买卖，并立即报告当地农业畜牧部门，由该部门进行处理。一旦发现自己或周围有人出现炭疽的症状，应立即报告当地卫生院或疾病预防控制机构，并及时就医。注意从正规渠道购买牛羊肉制品，不购买和食用病死牲畜或来源不明的肉类。
布鲁氏菌病
接触患病的羊、牛等牲畜时要戴手套、口罩和防水围裙。不喝生奶，不食用未煮熟的肉类。布病急性期病例以发热、乏力、多汗、肌肉、关节疼痛和肝、脾、淋巴结肿大为主要表现，出现疑似布病症状应该尽快就医，延误治疗可导致慢性化，对身体伤害更大。
血吸虫病
1.警惕灾区血吸虫病流行。我国血吸虫病主要流行于湖南、湖北、江西、安徽、江苏、四川、云南等省份，外地抗洪救援人员要特别警惕当地是否有血吸虫病流行，向当地居民或疾病防控机构咨询、了解当地血吸虫病流行情况，以及当地水系洪灾期间是否有周边血吸虫病流行区来水。
2.注意用水安全。在血吸虫病流行区，或可能受血吸虫病流行区来水影响地区，禁止直接饮用生水，只喝开水或符合卫生标准的瓶装水、桶装水。洗手、洗衣等生活用水应进行消毒处理，每50公斤饮用水加漂白精0.5克或漂白粉1克。
3.避免接触疫水。禁止在流行区自然水体中游泳、戏水、洗手、洗衣等行为，避免接触疫水或者有钉螺分布的水体。
4.做好个人防护。必须接触疫水时，应在身体可能接触疫水的部位涂抹防护油膏，持续接触疫水超过油膏中药物有效时间时应再次涂擦药物；在防范高温中暑的前提下，可穿戴不透水的长统胶靴、裤、手套等防护用具。
5.主动接受血吸虫感染检查。如接触疫水时未能采取足够的防护措施，特别是外地救援人员，应主动到血防部门进行血吸虫病检查，发现感染应早期治疗。
6.出现症状及时就诊。接触疫水后如出现发热、腹泻、乏力等症状，要尽快寻求医生帮助，主动告知医生近期曾在血吸虫病流行区接触过疫水，尽早诊断和治疗。
7.临时居住地附近有钉螺分布的小水域和草滩地可用氯硝柳胺进行处理，杀灭尾蚴和钉螺。喷洒剂量为2～3g/㎡；浸杀剂量为2～3g/m³水体。
8.加强家畜、粪便管理。洪灾期间，尽可能将牛、羊等家畜集中圈养，禁止到有钉螺的区域放牧。人及家畜粪便尽可能及时收集，统一进行无害化处理，防止粪便流入水中。
疟疾
1.加强疫情监测，建立疫情监测点，及时准确掌握疫情，分析趋势，进行预测，为制订防治对策提供科学依据。
2.加强发热病人的血检，及时发现传染源，规范治疗现症病人，及时开展疫点处置，防止传染源的积累与扩散。
3.开展媒介控制措施，对疟疾高发区且蚊媒密度较高的灾区群众集居地和居住场所用拟除虫菊酯进行室内滞留喷洒。
4.用蚊香，杀虫剂浸泡蚊帐或长效蚊帐，有条件的地方，在居所内安装纱门、纱窗等家庭防蚊措施。提倡穿着长袖长裤、在暴露的皮肤部位喷涂酊剂、霜剂、液剂等驱避剂、改变露宿习惯等个人防护措施，减少蚊虫叮咬。
5.开展爱国卫生运动，清除杂草污泥，填平坑洼，改善环境卫生，减少和消除蚊媒孳生场所。
6.开展疟防知识的健康教育活动，提高灾区群众自我保护意识与防护能力。