在淡水中，藻类有时也会大量生长。在这种情况下，过去也出现过因几种蓝藻而扩展蔓延的中毒灾难。1940年和1943年，在南非德兰士瓦省的瓦尔河水坝的水库中出现铜绿微胞藻，导致数千头牛羊因饮用水库的水而死亡。

赤潮究竟是一种原本就存在的自然现象，还是人为污染造成的，至今尚无定论。但根据大量调查研究发现，赤潮的发生都具备以下条件。

1、海域水体高度富营养化。海洋受有机物污染，海水富营养化是赤潮发生的物质基础和首要条件。赤潮检测的结果表明，赤潮发生海域的水体均已遭到严重污染，富营养化。氮、磷等营养盐物质大大超标，工业废水中含有的某些金属和有机物质刺激赤潮生物急剧增殖。

2、某些特殊物质参与，诱发赤潮生物繁殖。赤潮的形成要有适宜赤潮生物快速繁殖的生态环境，如氮、磷、硅等营养盐，水温，盐度，海水的盐度指1千克海水中所含溶解物质的总量，海水的盐度一般在32~37.5范围内变化，世界海洋的平均盐度为35，即每千克海水中溶解着35克物质。还有铁、锰等微量金属元素以及维生素B1、B12等。目前已发现63种浮游生物，其中硅藻24种、甲藻32种、蓝藻3种、金藻1种、隐藻2种、原生动物1种。

3、气象水文条件。水文气象和海水理化因子的变化是赤潮发生的重要原因。特别是在高温、闷热、无风的条件下最易发生赤潮。海水的温度在20~30℃是赤潮发生的适宜温度范围。科学家发现，一周内水温突然升高大于2℃是赤潮发生的先兆。海水盐度在26~37的范围内均有发生赤潮的可能，特别是海水盐度为15~21.6时，容易形成温跃层和盐跃层，为赤潮生物的聚集提供了条件，易诱发赤潮。营养盐类含量急剧上升，引起硅藻的大量繁殖，为夜光藻提供了丰富的饵料，促使夜光藻急剧增殖，从而又形成粉红色的夜光藻赤潮。

由上可见，赤潮产生的原因是，随着现代化工和农业生产的迅猛发展，沿海地区人口的增多，大量工农业废水和生活污水排入海洋，其中相当一部分未经处理就直接排入海洋，导致近海、港湾富营养化程度日趋严重。同时，由于沿海开发程度的增高和海水养殖业的扩大，也带来了海洋生态环境和养殖业自身污染问题；海运业的发展导致外来有害赤潮种类的引入；全球气候的变化也会导致赤潮的频繁发生。

赤潮的发生，严重破坏海洋和淡水正常的生态结构。如果引起海洋异变，局部中断海洋食物链，则会影响其他水生生物的生存环境。有的赤潮生物分泌毒素，通过食物链引起人体中毒，危害人的健康安全。

赤潮生物产生的主要毒素是麻痹性贝毒、神经性贝毒、腹泻性贝毒、西加鱼毒以及健忘症毒素。西加鱼毒，又称雪卡鱼毒，已分离出西加毒素、剩尾鱼毒素和鹦嘴鱼毒素( scaritoxin)三种毒素。这些毒素通过贝类等经济水产品的体内富集，人们一旦食用，便可中毒。

从西加鱼毒中分离出的西加毒素主要分布在南太平洋、加勒比海以及印度洋的温暖水域，后来传到了亚洲、欧洲以及美国。据专家估计，每年中毒人数约5万人。英国驻毛里求斯海军远征军曾因1500人西加中毒而导致战争失败。