2005年12月20日，卫生部提出，组建人感实致病性禽流感及传染性非典型肺炎防治卫生应急队伍、不明原因疾病卫生应急队伍、重大中毒事件卫生应急队伍、辐射事故卫生应急队伍；已组建的国家级救灾防病医疗与卫生防疫应急队伍和反恐怖医学救援队也将进一步完善。国家级人感染高致病性禽流感及传染性非典型肺炎防治卫生应急队伍，将依托中国疾病预防控制中心、北京市卫生局、广东省卫生厅分别组建人感染高致病性禽流感及传染性非典型肺炎实验室检测与流行病学调查、医疗救治应急分队。不明原因疾病卫生应急队伍将依托中国疾病预防控制中心、北京协和医院。

此外，2005年农业部实施了重大动物疫病防控定点联系制度，定期到各地检査防控措施落实情况，及时果断处置突发疫情，防止疫情扩散蔓延。疫情发生后，农业部立即派出工作组和专家组，开展流行病学调查，查清疫源指导地方有针对性地采取隔离、封锁、扑杀、消毒等防控措施。同时，做好动物防疫监督检查工作，防止疫情扩散蔓延。

在禽流感出现后，各地各部门在党中央和国务院的统一领导下，全力以赴地进行禽流感的防控工作，构筑了“防御大联盟”。

在首次出现禽流感疫情的内蒙古呼和浩特滕家营，呼和浩特市成立了以市长任总指挥的现场疫情扑灭指挥部，组织力量全力扑灭疫点疫情，并在全市范围内对禽类进行强制免疫。划定滕家营为疫点，周围3公里内为疫区，5公里范围内为缓冲区，发布封锁令，从10月14日19时起，疫点疫区实行强制封锁。14日晚连夜对滕家营近万只禽类进行全部扑杀，并进行无害化处理；对膝家营的住户及3公里疫区内养殖圈舍、道路等进行全部强制消毒15日晚，又对3公里疫区内7到8万只禽类进行全部扑杀和无害化处理。

自2005年10月20日起，上海出入境对禽流感防控进入警备状态，对所有海陆空入境通道全面实施入境人员的鞋底消毒，对来自疫区的肉禽蛋产品一律销毁。采取了三个方面的措施：一是严审入境货物单证；二是登轮检查疫区船舶；三是出入境人员须体测。

从2005年10月21日起，北京开始全面监测候鸟迁徙状况，城郊设立了57个候鸟监测点，监视越冬候鸟状况。并配备了专门的设备，详细记录候鸟的种类、活动时间、地点以及鸟粪情况。一旦发现变化，将在第一时间上报动物防疫监督机构，而防疫部门则将启动预案，对有异样的候鸟进行检查化验和处理。

在黑龙江，2005年10月25日，省防治高致病性禽流感指挥部发布紧急通知，要求各地必须立即部署防控工作，切实落实免疫、监测、消毒、宣传、培训和物资储备等各项防控措施，进一步增强防控工作的紧迫感和责任感从防控疫情大爆发、大流行出发，克服麻痹思想和侥幸心理，把防控工作摆上重要议事日程，查找防疫漏洞。

2005年10月25日，江西省紧急出台防控高致病性禽流感的7条措施在全省范围内开展“集中免疫行动”“消毒灭源行动”，对江西全省种禽和水禽实行强制免疫。同时，还重点加强对曾发疫情地区、养殖密集区的监测按照候鸟迁徙途径，重点加强鄱阳湖等大型湖泊周围以及水库、湿地、自然保护区周围以及南昌市等养殖密集地区的监测。

到2005年11月，河北省建立了7个野生鸟类禽流感疫情监测点，其中有3个是国家级监测点，分别位于海兴湿地、塞罕坝坝上湿地和秦皇岛野生动物救护中心，4个省级监测点分别设在白洋淀湿地、昌黎沿海、怀来官厅水库和衡水湖湿地。