就在实验室紧张检测的同时，同一家医院又住进了另一位病人。后来，这位成为上海第二例感染H7N9禽流感病毒的吴某，于3月10日病逝。

研究人员先后排除了季节性流感的H1N1和H3N2、俗称猪流感的甲型H1N1流感，H5N1高致病性禽流感、SARS和新型冠状病毒的可能性，3月21日，在上海的P3实验室，基本确定这种病毒为H7N9，为世界上首次在人体中发现。

根据规定，上海卫生部门无权宣布新流感病毒的发现，而需将标本交由中国疾病控制预防中心实验室复核。3月22日，上海将这一发现和标本上报至中国疾控中心。之后，便是等待。

根据上海的已知两例病例，卢洪洲将H7N9禽流感患者的基本特征初步归纳为：早期为普通流感症状，咳嗽、发烧、血小板偏低，唯一有所区别的是少痰，通常发烧5至7天后，转化成肺炎，病程加速，有的会在24至48小时之内出现呼吸衰竭。

3月31日，李某病逝后22天，中国疾控中心正式对外宣布：上海与安徽两地共3例人感染H7N9型禽流感，其中两例死亡。“这等于是扣动了上海三级响应的扳机。”上海市疾控中心公共卫生应急处置与传染病管理办公室主任吴寰宇介绍说，“各地的响应要根据各自的应急预案决定，并不完全相同。上海的三级响应中，有发现新的禽流感亚型病毒这一条。”

4月2日下午，上海市政府召开新闻发布会，宣布启动这一响应。同时，对确诊新病例的权限，也从北京下放到了上海，除了最初的两例，包括疑似病例的排除，均为上海独立确诊、宣布。

上海的流感监控网络，由130家开设发热门诊的二级以上医疗机构、43家流感检测哨点医院，和18家国家级流感网络实验室组成。哨点医院会对符合定义的病例进行病例登记和标本采样，然后送网络实验室。后者在全市17个区县均已覆盖，他们将对标本进行已知流感病毒的筛查。如无法确认，将送上海市疾控中心的实验室进行再次检测。

正是根据以上程序，筛查出了年纪最小的病例李某，年仅4岁。他于3月31日发烧，4月1日前往上海市第六医院金山分院就诊，之后离开。金山分院恰好就是一家哨点医院，院方将该病例上报，并对留下的样本进行实验室分析，一天后，即判定为H7N9禽流感病毒核酸阳性。院方重新找到这名儿童，将其隔离治疗。