世卫组织总干事布伦特兰女士非常强硬，已经把中国定位为疫区。可是当时的北京市对疫情还是遮遮掩掩，这引起了世界卫生组织的不满。2003年4月10日，世卫组织批评北京疫情报告系统，派调查小组下来调查。“世卫组织派了专家来北京看病人时，北京这边用救护车装着病人在大街上到处跑，就是不让见。今天看起来这个举动很丢脸，而且大可不必。”杨功焕说。

“其实按照传染病报告国际卫生条例的要求，发生大型爆发性疾病，都需要向世界卫生组织报告。”参加过世卫组织框架公约谈判的杨功焕对世卫组织的运作也非常熟悉。她介绍说，世卫组织的报告系统其实不只是国家报告这种单一的形式，它还有自己的传染病信息搜集网络。“它由所有的杂志、记者监控，叫Rumor报告——只要有流言就上报，但他们不会公布，而是先告知相关国家的政府，也会派专家去核实。这种方式能很快地捕捉到实际情况。”所以SARS之后，大家都在提如何做防控。“我当时也是建议，在官方报告之外，我们也要建设一个像世卫组织这样的框架性搜集系统。”杨功焕说。

中国与世卫组织的态度也是2003年4月20日开始改变的。不过到了5月底，中国宣布没有SARS疫情时，世界卫生组织仍持怀疑态度。当时吴仪找曾光这些专家开会谈及世卫的不信任态度时，还很生气地说：“我们真消灭了，他们怎么就不相信？”

“当时我还跟吴仪做解释：人家不相信我们的话，我们也应该理解，因为一开始我们做得确实不好，相当于有前科了，突然变成好孩子人家也确实不太容易相信，他们会觉得中国初期那么混乱的系统，现在怎么变好了？是不是又跟我们撒谎了呢？后来世界卫生组织十几个调查组在中国转，转来转去发现确实是做好了，这才宣布中国彻底消灭了SARS。”2003年6月24日，世界卫生组织宣布将北京从疫区名单中排除。之后，SARS期间与世界卫生组织这种良好的合作关系一直延续下来。

去除价值理念的讨论，仅仅从功利的角度来看，这种国际合作也让中国受益颇多。曾光说，2009年“甲流”爆发的时候，世界卫生组织就迅速地把美国的病毒标本传给中国，让中国做疫苗、做检测，“所以在中国，‘甲流’还没来，诊断试剂就出来了。”中国在“甲流”上面的处置，也得到世卫组织的肯定。“因为我在SARS爆发后给美国CDC做培训，他们非常感谢我。不知道该怎么感谢好了，问我有什么要求，我就说给我们派个专家来吧。最后这件事不还是中国获利吗？派专家的经费都是他们出的，帮助我们做培训，提高我们的能力，现在这个专家的前任还获得过中国的友谊奖。

“我在外交部国家安全的研讨会上说：公共卫生的世界合作是一方净土，不像经济、政治、军事上，尔虞我诈，此消彼长，你强我就弱。在公共卫生和传染病上面，疾病是我们面对的共同敌人，大家的利益是一致的。对这种合作还是应该促进保护，不要瞎怀疑，这种开放式的态度对中国有好处。”