这次透水事故涉及拉甲、龙山、田角、恒源、果园、华星、精诚7个矿并，这些矿井深至海拔负180多米，垂深达700米左右，透水使海拔负110米以下的井巷全部被淹。井下水量估计达34万立方米，要抽干井下水，难度非常大。

党中央、国务院派出的调查组深入现场了解情况，明确要求，要不惜切代价把水抽干! 中央调查组强调，以秒为速度进行工作，督促各项措施的落实，要求尽快把水抽干。

广西迅速抽调精干力量，成立了矿井排水抢险现场指挥部，近千名抽排水大军火速集中到7个窿口。为了加快进度，在调查组的直接指挥下，从贵州、重庆等地调来排水、通风设备和矿山救护人员。整个抢险过程中，7个矿并共投入使用抽水泵267台，其中新购64台，装有压风机57台，压风管路在原有10趟的基础上增至13趟。按照国务院调查组的要求，指挥部迅速前移到事故现场的大厂镇，主要领导亲自坐镇指挥，采取了强有力的措施。在抽、排水进程中及时调整抽水方案，改造局部排水系统，强化排水的劳动组织管理，为各窿口增加设备，改善井下通风条件，每天排水能力由开始时的1万多立方米增加到4万多立方米。

8月6日下午4时许，龙山矿井下发现了死者遗体，这是事故井下发现的第一具尸体。在随后的半个多月时间里，遗体被陆续发现。从8月8日起随着7个窿口井下积水相继抽干，抢险队员以高度负责的精神，强忍着异味一次又一次深入井下，小心翼翼地把遗体一具一具装进袋子运出。随着井下积水的抽干，为了彻底查清死亡人数，抢险队开始对井下所有巷道进行“地毯式”搜查。抢险队员冒着高温与异味，一寸一寸地细心清除井下淤泥，细心排查，以防可能还有被掩埋在淤泥中的遇难者遗体。8月20日20时，当最后一个窿口拉甲矿海拔负181米处的井下积水抽干后，善后处理小组经认真查证，发现遗体一共78具，加上事发后矿老板处理的2具，共发现遗体80具，另有一人失踪。

8月20日，南丹矿井透水事故涉及的7个窿口、总量达34万立方米的抽排水任务终于完成，为深入调查事故原因创造了条件。

为了妥善处理遇难者遗体，自治区工作组按照国务院调查组的要求，制定了一整套工作程序，专门抽调45名卫生防疫人员从事卫生消毒、防病工作。对井下刚打捞起来的遗体先消毒一次，运到地面后再进行第二次消毒。井下抽出的水也全部撒下漂白粉等药消毒，对龙山、拉甲等井口进行重点消毒和卫生监测，确保事故矿井周围地面没有任何疫情发生。

党中央、国务院赴南丹事故调查组对大难之后防大疫提出了明确指示和部署，成立了事故处理卫生防疫病工作小组，抽调地方60多名卫生专业技术人员组成防疫防病工作队赴事故现场开展工作。