卫生防疫专业人员深入事故现场，先后对事故矿井9个窿道污染水和可疑受污染水进行消毒处理，消毒面积约2000平方米，消毒处理遇难者尸体78具，事故现场无一例传染病发生。同时，对事故矿区及周边矿区、乡镇食品摊点、招待所等100多家食品经营和公共场所进行食品卫生监督，有效地防止食物中毒和食源性疾病的发生。

在集中处理尸体的龙山矿窿口，卫生防疫人员实行24小时监控，监督指导捞尸工对每具尸体进行消毒。同时，对运送尸体斗车经过的路面、停尸点及周围环境消毒，防止腐烂尸体对地面环境的污染。另外，还加强水质监测工作，防疫人员坚持每天对各窿口受污染的水、地面水和已经消毒过的水进行采样检测，及时考核受污染水质消毒处理的质量，使消毒处理的受污染水达到合格排放。为防止食物中毒和食源性疾病的发生，卫生防疫部门加强对事故矿区及周边矿区、乡镇的食品卫生监督工作，取缔无证经营摊点，加强餐饮具的消毒。对有接待任务的招待所和公共场所派食品卫生监督员进行专门监督，严把“病从口入”关。

中央调查组会同广西壮族自治区现场工作组，会同水文地质方面的爆破专家，经过23天的调查取证，终于查清了“7·17”南丹特大透水事故的直接原因。据调查，事故发生在拉甲坡矿井下9号井标高-166米平巷的3号作业面，由于实施违章爆破引发了事故。

据调查组介绍：7月17日凌晨3时40分，拉甲坡矿明知作业区域存在透水隐患，不但不采取防范措施，而且继续冒险组织作业，在9号井标高-166米平巷处的3号工作面，1个小时内，两次实施爆破，使位于下方的恒源矿受淹老塘与上部的3号工作面之间0.3至0.4米厚的隔水岩体产生脆性破坏，积水在强大水压作用下，击穿隔水岩体，形成一个长径3米、短径1.2米的椭圆形透水口，高压水大量涌入3号工作面，并迅速流向连通的其他巷道，先后使拉甲坡矿3个工作面、龙山矿2个工作面、田角锌矿1个工作面被淹，许多来不及跑掉的矿工遇难。

龙山矿的2号工作面和5号工作面作为采矿，不具备基本安全生产条件，乱采乱挖现象严重。井下巷道纵横交错，互相联通，造成一个矿井透水，殃及毗邻多个矿；一个矿井遭灾，多矿井都会死人。